Ngày 4 tháng 6 năm 2001, bà Junko Yamagami (52 tuổi) dự kiến có chuyến công tác tại thành phố Đại Liên (Trung Quốc).
Trước khi lên máy bay bà còn có một cuộc họp tại công ty du lịch mà bà đang làm việc. Tuy nhiên, suốt cả buổi sáng hôm đó, đồng nghiệp trong công ty không hề thấy bóng dáng của bà Junko xuất hiện, bà không đi họp cũng không lên máy bay đi công tác nước ngoài.
Đến trưa hôm đó, vì lo lắng có chuyện chẳng lành nên đồng nghiệp của bà Junko đến tận nhà hỏi thăm, bà Junko sống cùng chồng tên Masahiro và mẹ chồng Saegus, nhưng nhân viên công ty không thấy ai ở nhà, cả con chó cưng của gia đình và chiếc xe hơi thường đậu trước cửa cũng không còn ở đó.
Con gái của bà Junlo, một giáo viên tiểu học 26 tuổi tên Chie cũng bị mất tích khó hiểu. Cô Chie vốn sống một mình trong một căn hộ ở gần thành phố Takehara. Được biết, buổi tối trước hôm xảy ra sự việc, cô Chie có đến thăm bố mẹ và ngủ lại ở đó.
Đồng nghiệp của Chie cho biết vào khoảng 9h30 tối, cô nhặt một ít đồ trang điểm từ một đồng nghiệp và sau đó đi về nhà của cha mẹ cô ở thị trấn nhỏ Sera.
Hàng xóm của gia đình bà Junko cho biết họ đã nghe thấy tiếng đóng cửa xe rất mạnh vào khoảng 10h 50' tối hôm đó nhưng không ai chắc chắn đó là tiếng đóng cửa xe của cô Chie hay là tiếng đóng cửa xe của gia đình này trước khi rời đi.
Còn người giao báo của gia đình thì cho biết vào khoảng 4h đến 5h sáng, anh ta đến và đã không thấy chiếc xe đậu ở đó.
Một điều kỳ lạ nữa là cửa trước ngôi nhà của bà Junko có khóa cẩn thận nhưng cửa sau lại mở, tuy nhiên mọi đồ đạc trong nhà đều vẫn y nguyên và không có dấu hiệu bị kẻ trộm đột nhập. Đèn bếp vẫn được bật sáng trưng, thậm chí đồ ăn sáng cũng đã được chuẩn bị.
Mọi đồ vật trong ngôi nhà đều bình thường nhưng có chi tiết lạ là bộ đồ ngủ của bà Junko biến mất, đôi giày vẫn ở đó nhưng đôi dép thì không.
Hành lý của bà Junko và 150.000 yên mà bà đã chuẩn bị sẵn cho chuyến đi vẫn ở trong nhà, máy nhắn tin của ông Masahiro cũng vậy. Từ đó, cảnh sát suy luận rằng mọi sinh hoạt của gia đình này vẫn bình thường nhưng đột ngột có chuyện gì đó khiến họ lên xe gấp mà không kịp mang theo bất cứ thứ gì ngoài chú chó cưng.
Sau 1 năm miệt mài tìm kiếm nhưng cảnh sát vẫn không có được kết quả như mong muốn. Điều tra các mối quan hệ của gia đình, cảnh sát được biết họ không hề có mâu thuẫn hay thù hằn gì với ai. Mặc dù ông Masahiro có nợ một ít tiền nhưng nó không quá nhiều đến mức cả gia đình phải chạy trốn như vậy.
Khi vụ án đang chìm dần vào bế tắc thì đột nhiên, vào ngày 7 tháng 9 năm 2002 cảnh sát tìm thấy một chiếc xe hơi bị chìm dưới hồ nước gần nhà bà Junko. Chiếc xe chứa hài cốt của cả 4 người nhà bà Junko và chú chó của họ, phần thịt gần như đã bị phân hủy chỉ còn lại những bộ xương.
Cả 4 người đều thắt dây an toàn, quần áo trên người nạn nhân dường như là đồ ngủ, mặc dù đã bị phân hủy gần hết. Không có dấu hiệu xô xát ở trong xe hoặc bất kỳ tác động nào từ bên ngoài vào chiếc xe. Kết quả giám định không xác định được nguyên nhân cái chết của họ, cũng không có dấu hiệu cho thấy bị tấn công.
Cảnh tượng bên trong chiếc gây sốc cho cảnh sát và mang đến những câu hỏi mà đến nay vẫn chưa có lời giải thích thỏa đáng rằng: Vì sao gia đình họ lại vội vàng đi ra ngoài trong đêm tối? Họ muốn đi đâu hay chạy trốn điều gì? Tại sao chiếc xe lại bị đâm xuống hồ nước?
Vì ông Masahiro ngồi ở ghế lái nên cảnh sát nghi ngờ rằng đó là một vụ giết người và tự sát hoặc tự tử tập thể.
Việc gia đình bà Junko đột ngột rời đi khiến nhiều người nghi ngờ. Nếu ông Masahiro thực sự đã giết tất cả mọi người thì làm thế nào ông ta lại có thể thuyết phục (hoặc đe dọa) để các thành viên khác trong gia đình lên xe, đặc biệt là khi họ đã chuẩn bị bữa ăn sáng tươm tất? Hay ai đó đã buộc họ rời đi? Có lẽ họ đã cố gắng tránh xa ai đó và Masahiro vô tình lái xe xuống nước?
Hàng loạt câu hỏi được đưa ra nhưng không một ai có lời giải thích thỏa đáng và cho đến nay nó vẫn là vụ mất tích kỳ lạ gây ám ảnh Nhật Bản.